水口は都から伊勢に通じる交通の要衝にあり、中世後期にはすでに町並が形成されていましたが、天正１３年(1585)、秀吉の命により、水口岡山城が築かれ、その城下町として発展を見せました。

関ヶ原合戦後、この地を直轄地として家康は、水口を東海道の宿駅に指定しました。　そして家康は、しばしばこの地を通行し、宿内の大徳寺などに宿泊しています。

寛永１１年(1634)、三代将軍家光は上洛に先立ち、道中となる水口に専用の宿館を築かせています。　これが水口城です。　作事奉行には建築や造園、茶道などで知られる小堀遠江守政一（遠州）があたりました。

城は掘と石垣をめぐらした本丸と北側の二の丸からなり、本丸内部には御殿が建てられました。　その建物構成は、京都二条城に共通し、数奇をこらしたものでした。

その後、幕府の任命した城番が管理する番城となりましたが、天和２年(1682)には加藤明友が入封し、水口藩が成立、水口城はその居城となり明治維新に至りました。

維新後は、廃城となり、建物や石垣の大半は撤去されましたが、本丸敷地のみは保存され、昭和４７年(1972)滋賀県の史跡に指定されました。

『現地案内を参照』